Apteka szpitalna nazywana jest „Sercem szpitala”. Zajmuje się zaopatrywaniem jednostek organizacyjnych Szpitala Miejskiego w leki, wyroby medyczne oraz wytwarza leki recepturowe. W niej przechowywane są zapasy leków i wyrobów medycznych. Farmaceuci kontrolują także przechowywanie i zabezpieczanie leków w oddziałach. Do zadań Apteki należy również m.in. współuczestnictwo w monitorowaniu jakości leków i wyrobów medycznych (przyjmowanie i nadzór nad dokumentacją dotyczącą działań niepożądanych, wadliwej jakości itp.).